2000年，日本某株式会社与中国山东某公司共同组建了一家生产性的中外合作经营企业具有法人资格。双方在合作经营协议中约定:合作企业的合作期限为12年，合作期满时全部固定资产无偿归中方所有，日方可在合作期内先行收回投资;合作企业利润分配方式为:按出资比例对外方采取产品分配方式，对中方以现金分配2002年度，企业开始获利，M企业向日方分配产品100万箱，价值人民币500万元向总机构支付人民币3万元的特许权使用费，通过中国红十字会向地震灾区捐赠药品价值人民币10万元。M企业在计算当年企业收入时，未将上述收支计算在内。税务机关审核后，认为M企业申报不实，而M企业则主张应适用“两免三减”，免于缴纳企业所得税。双方因此发生争议请回答下列问题
(1)涉外企业所得税的计税依据是什么?应如何计算?
(2)本案中，M企业在计算企业在该纳税年度的收入时的做法是否正确?
(3)何谓“两免三减”?M企业是否适用?
(4)双方有关合作期满时固定资产的归属以及收回投资约定是否合法?外方先行回收资金有哪些办法?
(1)涉外企业所得税的计税依据是企业的应纳税所得额，即在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所在每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额计算公式为:应纳税所得额=收入总额一成本一费用一损失。
(2)本案中，M企业在计算企业在该纳税年度的收入(即该年度的应纳税所得额)时做法存在多处错误。首先，M企业分配给日方的价值人民币500万元的货物，属于日方从企业分配的利润，应当计入企业的应纳税所得额;其次，M企业向总公司支付的3万元特许权使用费，是不得列为成本、费用和损失的项目，其未计入当年收支是正确的。最后，M企业通过中国红十字会向灾区捐赠的药品价值10万元，是允许列支的项目，可在应纳税所得中扣除因而，M企业在计算当年应纳税所得额时共少计入490万元。
(3)“两免三减”是指，对于生产性的外商投资企业，经营期在10年以上的，从开始获利的年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。是一项针对涉外企业的税收优惠措施本案中，M企业经营期限为12年，又是生产性外资企业，属于适用“两免三减”税收优惠的外资企业。
(4)约定合法根据《合作企业法》的规定，“中外合作者在合作企业合同中约定合作期满时合作企业的全部固定资产归中国合作者所有的，可以在合作企业合同中约定外国作者在合作期限内先行收回投资的办法。”目前，合作企业外方先行回收资金主要有两种办法:
①从合作企业净利润(税后利润)中回收资金;
②从企业固定资产折旧费(税前中回收资金)。
