网络空间安全学科有自己的方法论，即包含分而治之的传统方法论，又包含综合治理的系统工程方法论，而且将这两者有机地融合为一体；网络空间安全学科具体概括为理论分析，逆向分析，实验验证，技术实现四个核心内容；必须强调指出的是，逆向分析是网络空间安全学科所特有的方法论。

网络空间安全学科的每一分支都具有攻和防两个方面：

① 在进行网络安全防护设计时，首先要进行安全威胁分析和风险评估；

② 认识系统的管理者和使用者，因此认识影响信息系统安全的重要因数。

以人为核心，运用定性分析和定量分析相结合，注意量变会引发质变，综合处理，追求整体效能，解决网络空间安全中的理论，技术和应用问题。